محمد مطهری فرزند آیت الله مطهری ضرر هتک آبرویی که احمدی نژاد برای نظام به بار آورده را بیشتر از نسبت دادن تقلب دانست.
وی در یادداشتی که برای تابناک نوشته گفته است: آيا شهيد مطهري را دوباره بايد تشييع جنازه كرد؟
در قسمتی از این یادداشت آمده است:
اگر بیان مبانی اسلام و نظام جمهوری اسلامی، عملا به مقامات اجرایی واگذار شده است، آیا بهتر نیست شهید مطهری را از ایدئولوگ نظام اسلامی بودن خلع کرده و امام خمینی، علامه طباطبایی و شهید مطهری را دوباره تشییع کنیم و این بار پیکر و افکارشان را یکجا به دل خاک بسپاریم؟
در جای دیگری از این یادداشت گفته شده: یک روز در پاسخ به این پرسش من که چرا دوستان نزدیک شما همگی عضو شورای مرکزی حزب جمهوری اسلامی شده‌اند، ولی شما نشده‌اید، گفتند: این افراد در آینده پست‌های مهم کشوری خواهند داشت، ولی من می‌خواهم در همان کتابخانه‌ام به کارهای فکری که پس از انقلاب شدیدا مورد نیاز است بپردازم.
اما به راستی چرا شهید مطهری که خود را برای انجام چنین پروژه عظیمی آماده کرده بود، با این گروه خطرناک و کم تعداد {فرقان} درگیر شد؟ آن جزوات تنها در چند صد نسخه منتشر شده بود و چه بسا پنج هزار خواننده هم پیدا نکرده بود.
این تحریفات به ظاهر کم اهمیت چنان بر استاد گران می‌آمد که نقل کرده‌اند وقتی در جلسه‌ای فردی به نام آشوری از سخنان تحریف آمیز و التقاطی گروه فرقان در باب قرآن دفاع می‌کرد، دستان استاد در زمان پاسخ گویی بی‌اختیار و به وضوح می‌لرزید.
محمد مطهری در ادامه آورده است: بدون آنکه خدای نکرده قصد مقایسه جنایتکاران فرقان با کج‌اندیشان امروز در کار باشد، متأسفانه باید اذعان کرد، این سال‌ها درست همان چیزی که لرزه بر اندام استاد می‌انداخت و برای آن جان داد، دامنگیر نظام اسلامی شده است.
وی ادامه داده است:آیا عجیب نیست که ما از یک طرف برای آثار امام خمینی (ره) متولی داریم که مبادا امر نادرستی به ایشان نسبت داده شود و بیشتر علما و بزرگان نیز با همین نوع نگرانی تنها اخبار صادره از دفتر خود را مورد تأیید می‌دانند، اما از سوی دیگر، اجازه می‌دهیم کسی که به واسطه شخصیت حقوقی و نه حقیقی وی، سخنرانی‌اش در کانون توجهات خبری قرار می‌گیرد در قالب «سخنگوی نظام جمهوری اسلامی» با هر معلوماتی و هر طور که میلش کشید در هر مسأله اسلامی «نظریه‌پردازی» کند؟! این مانند آن است که یک عالم دینی با معلومات نزدیک به صفر در علوم مهندسی در جمع اساتید رشته عمران حاضر شود و اصول پل سازی را زیر سؤال برده و بگوید، پل‌ها را باید چنین و چنان ساخت و ما سخنان او را به طور زنده در سراسر جهان پخش کنیم!
ادامه به اصطلاح نظریه پردازی‌های اسلامی رئیس جمهور محترم که نمونه بارز آن در اجلاس بیداری اسلامی در هفته گذشته مشاهده شد، که فهم دین را نسبی معرفی کرده و حتی در حضور علمای اسلامی حاضر نبود، هدف قیام امام زمان ـ علیه السلام ـ را احیای «اسلام» در جهان معرفی کند و اسلام را با توحید و عدالت و انسان دوستی جایگزین می‌کرد، گواهی است بر بی‌کسی امروز اسلام در نظام اسلامی. مسلمانانی که امروز در گوشه و کنار جهان این قبیل نطق‌های رئیس جمهور را می‌شنوند، گمان می‌کنند پلورالیسم، اومانیسم و نسبیت گرایی تا اعماق نظام فکری نظام اسلامی رسوخ کرده و ایشان مشغول بیان آخرین دستاوردهای متفکران اسلامی هستند.
فرزند آیت الله مطهری ادامه داده است: به نظر می‌رسد اتخاذ تمهیداتی از این قبیل برای «مقاماتی که سودای نظریه‌پردازی در مسائل اسلامی از تریبون‌های رسمی جمهوری اسلامی را دارند» ضروری باشد:
۱. پس از انتخاب، آزمونی تفصیلی توسط متخصصان دین از مقام مربوطه گرفته شود و نتیجه به اطلاع عموم برسد و وی تنها در صورت موفقیت در آزمون، مجاز به نظریه‌پردازی در مسائل اسلامی از تریبون‌های رسمی باشد.
۲. مقام مربوطه موظف باشد پس از هر سخنرانی نظریه پردازانه در باب اسلام، در جلسه‌ای با حضور کار‌شناسان، در برنامه زنده تلویزیونی به دفاع از نظر خود بپردازد.
گرچه عدم کفایت سیاسی معنای عامی دارد، تجربه چند سال اخیر نشان داد که عدم کفایت برای اظهار نظر در مسائل اسلامی و نیز عدم کفایت اخلاقی باید به تصریح در قانون ذکر شود. رئیس جمهوری که مرتبا در حضور جهانیان وعده رسوا کردن مقامات همکار خود را می‌دهد ـ که شاید از این جهت در تاریخ معاصر در میان سران جهان بی‌نظیر باشد ـ بدون شک، بد‌ترین هتک آبرو را برای نظام اسلامی به بار آورده که ضررش از نسبت دادن تقلب به نظام بیشتر است.
همین امر، روشن‌ترین دلیل بر عدم کفایت سیاسی است. اما اگر بررسی عدم کفایت سیاسی، جایی برای مصلحت اندیشی داشته باشد، شهید مطهری با خون خود این پیام را به ما می‌دهد که در آنجا که کیان اسلام ولو ناآگاهانه مورد هدف قرار می‌گیرد، سکوت به ویژه از طرف روحانیت نه جایز است و نه تأخیر بردار.
وز در پایان این یادداشت از قول آیت الله مطهری آورده است:
من به عنوان یک فرد مسئول به مسئولیت الهی، به رهبران عظیم‌الشأن نهضت اسلامی که برای همه‌شان احترام فراوان قائلم، هشدار می‌دهم و بین خود و خدای متعال اتمام حجت می‌کنم که نفوذ و نشر اندیشه‌های بیگانه به نام اندیشه اسلامی و با مارک اسلامی اعم از آنکه از روی سوء نیت و یا عدم سوء نیت صورت گیرد، خطری است که کیان اسلام را تهدید می‌کند».
